En réalité 

事实上，实际上；是相对于表面而言的；

如：En réalité c'est tout différent.
实际上这却完全不同。

Il est heureux en apparence, mais en réalité, il ne l'est pas.
他表面上幸福，其实不然。

En effet  

事实上，确实；是对前边所讲内容的解释或者肯定；

如：Il n'a pas raconté d'histoire, cela lui est en effet arrivé.
他没有胡说，这事确实发生了。

Il n'est pas venu, en effet il a dit qu'il était malade.
他没来，他确实说过他病了。

En fait

事实上，其实；是对前面所讲内容的否定；

如：En fait, il n'est pas parti.
其实，他没有出发。

En fait, il était incompétent.
事实上，他没有能力。

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