你这个问题主要是
有关疑问句构成的形式问题
详细的可以参看
http://blog.hjenglish.com/belovednuo/articles/879484.html

疑问代词分
简单形式（qui，que，quoi）
复合形式（lequel，laquelle，lesquels，lesquelles）
特殊形式
qui est-ce qui...? 就人提问并且人做主语
qui est-ce que...? 就人提问并且人做宾语
qu'est-ce qui...?  就物提问并且物做主语
qu'est-ce que...?  就物提问并且物做宾语

1，qui est-ce?中qui是做宾语，
用qui est-ce que c'est?的从语法角度来说没有错误，
但是生活中我们说qui est-ce？就可以了。

2.当作宾语que置于句首时，可用：疑问词+est-ce que+陈述
句，也可以简单倒装。例如
qu'est-ce que vous faites?
=que faites-vous?

但是，我没有见过qu'est-ce?的用法，
虽然从语法上讲没有错误，但是生活中不这么说，就是你写文章也不这么写。
如果你要表达“这是什么”，
习惯上就是说“qu'est-ce que c'est?”

而且如果你要表达“你都做了些什么？”习惯上也是说
qu'est-ce que tu as fait?

我想 qui est-ce? qu'est-ce que c'est?以及qu'est-ce que tu as fait? 这在生活中是经常要用到的句子，所以说法就固定了，你用别的方式去说的话，就感觉很怪，虽然不是原则上的错误，但是却是习惯上的错误。

提问者对于答-案的评价：学语言不应该跳进语法的怪圈，merci