1911年，巴黎歌剧院即将被拍卖，拍卖会上各类拍卖人、购买人和出价人集聚一堂。70岁的拉乌尔坐在轮椅上，买了一张海报和八音盒。拍卖者展示出一个巨型的水晶玻璃吊灯，说明了此灯与歌剧院魅影有关，一道闪光过后，观众被带回了从前那个巴黎歌剧院的鼎盛时期。

　　第一幕

　　直接进入了歌剧《汉尼跋》的彩排现场。歌剧院已经退休的经理拉菲尔先生正向新来的经理弗尔民先生和安德烈介绍舞台的情况。这时女主角卡洛塔正在演唱，背景幕布突然落下，差一点就砸死卡洛塔。人们开始议论：“是剧院魅影干的”，卡洛塔非常生气，拒绝继续演唱下去。

　　芭蕾舞女导师吉瑞夫人的女儿麦格·吉瑞建议，让她的朋友克里斯汀代替卡洛塔演唱。克里斯汀最近有一个神秘的老师为她授课。

　　克里斯汀在歌剧中的表演很成功，一位名叫拉乌尔的贵族和剧院赞助人认出了克里斯汀就是他小时候的朋友。在演出结束后，拉乌尔来到后台请克里斯汀一同进餐，但克里斯汀告诉他不行，因为她的老师“音乐天使”对她有严格的要求。

　　当拉乌尔离开克里斯汀的房间，魅影出现了，引诱克里斯汀进入歌剧院的底部，在那里魅影将继续为克里斯汀上课。

　　魅影带领克里斯汀到他地下的居所，在那里克里斯汀看见了一幅她穿着结婚礼服的恐怖画像。她惊极晕倒了，几小时后，克里斯汀被魅影弹奏的管风琴音乐叫醒。她轻轻走到魅影后面，将魅影的面具撕了下来。魅影非常气愤，将克里斯汀送回了地面。

　　魅影给歌剧院经理、包括拉乌尔、吉瑞夫人和卡洛塔一张纸条，指令要由克里斯汀担任新歌剧《穆托二世》的女主角。经理拒绝了魅影的要求。

　　歌剧《穆托二世》如计划进行，由卡洛塔担任女主角，克里斯汀担任女配角。正如魅影许诺的，悲剧降临了，剧院的打杂人员约瑟夫·伯奎特被杀了，而卡洛塔的嗓子失声了。

　　在混乱中，拉乌尔和克里斯汀逃离到歌剧院的屋顶。在那里，整个巴黎尽收眼底，两人倾诉了彼此的

　　爱慕之情。他们没有注意到魅影正听着他们的誓言。魅影对克里斯汀的背叛感到气愤无比，在另一晚演出结束时，魅影让巨大的水晶玻璃吊灯落下，砸在了舞台上。

　　第二幕

　　第二幕的一开场是巴黎歌剧院的阶梯上举行的一个大型假面舞会。已经有6个月没有听到魅影的消息了。克里斯汀和拉乌尔已经订婚，但消息还没有公开。克里斯汀把订婚戒指已经挂在她的项链上了。

　　突然，魅影出现了，这一次他打扮成红色死神，并交给剧院经理一部歌剧的乐谱，名为《唐璜的胜利》。

　　一开始，经理拒绝演出这个离奇而且怪异的歌剧。后来在拉乌尔的建议下，他们决定给魅影设一个圈套，假装计划演出《唐璜的胜利》，让克里斯汀做诱饵，然后设计抓住魅影。

　　克里斯汀到父亲的墓前拜祭。魅影在坟墓出现，召唤克里斯汀跟他一起走。这时拉乌尔出现，将克里斯汀救回。

　　终于，歌剧《唐璜的胜利》首演了。侍卫和警察将歌剧院重重包围，想要捉住魅影。当歌剧接近尾声，魅影替换了男主角皮安吉登台，与克里斯汀对唱，然后再次挟持克里斯汀进入歌剧院下那如同迷宫一般的地下世界。在最后的时刻，魅影要求克里斯汀永远和他在一起，否则他就要杀死拉乌尔。克里斯汀作出此重要决定，同时为全剧画上了句号。